Abstract

OBJECTIVES: to investigate the characteristics of patients affecting the duration of positivity test by RT-PCR in the population of Piedmont, a Region of North-West of Italy. 
DESIGN: observational cohort study.
SETTING AND PARTICIPANTS: from the administrative database of the regional SARS-CoV-2 surveillance system, a cohort of all patients who tested positive by a RT-PCR assay to SARS-CoV-2 occurring from 22.02.2020 to 30.09.2020 in the Piedmont Region (N. 29,292) was obtained. The cohort has been linked to the hospital discharge database and to the vital statistics database.
MAIN OUTCOMES MEASURES: outcome of the study was the risk of non negativization, estimated by fitting Generalizing Estimating Equation model (GEE), a longitudinal model which consider for each subject several records collected on fixed time intervals 15, 30, 45 or 60+ days from the first positive test. Negativization was defined as the condition in which two consecutive samples taken from the patient at least 24 hours apart were negative for the presence of SARS-CoV-2.
RESULTS: the median duration of positive RT-PCR was 27 days. A higher median of days until positive persistence was observed in people over 80 (34 days, IQR 25-49), female (28 days, IQR 18-40), symptomatic patients (28 days, IQR 19-40), hospitalized people (32 days, IQR 21-44), patients with Charlson’s index >0 (34 days, IQR 23-49), patients host of elderly nursing homes (37 days, IQR 25-51). In the GEE multivariable model, the variables associated to the non negativization at all times intervals were: older age (at 15th day: class 65+, OR 2.56, 95%CI 2.39-2.74), female gender (at 15th day: OR 1.12, 95%CI 1.06-1.18), and to be hospitalized for COVID-19 (at 15th day: OR 1.38, 95%CI 1.29-1.48). The presence of comorbidities and of symptoms were associate with the non negativization at 15th day (respectively, class 4+: OR 1.29, 95%CI 1.08-1.56 and symptoms: OR 1.20, 95%CI 1.13-1.27), but not at 45th day.
CONCLUSIONS: older age, female gender, presence of comorbidities and severity of disease (proxy hospitalization for COVID-19) were risk factors for non negativization at all times intervals. The presence of symptoms was a risk factors for the non negativization after 2 weeks from the first diagnosis and not at 45th day. Using a longitudinal model for the analysis of the dataset, it is possible to compare the weight of the variables included in the model at different times and correct an overestimation of the attributable risk after the first considered time interval.

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Riassunto

OBIETTIVI: indagare le caratteristiche dei pazienti che influenzano la durata della positività al test RT-PCR nella popolazione del Piemonte.
DISEGNO: studio osservazionale di coorte.
SETTING E PARTECIPANTI: dal database amministrativo del sistema di sorveglianza regionale SARS-CoV-2, è stata ottenuta una coorte di tutti i pazienti residenti, risultati positivi al test RT-PCR per SARS-CoV-2 verificatisi dal 22.02.2020 al 30.09.2020 in Regione Piemonte (n. 29.292). La coorte è stata linkata al database delle dimissioni ospedaliere e al database dello stato in vita.
PRINCIPALI MISURE DI OUTCOME: risultato dello studio è il rischio di non negativizzazione, stimato mediante il Generalizing Estimating Equation model (GEE), un modello longitudinale che considera per ogni soggetto diversi record raccolti su intervalli di tempo fissi 15, 30, 45 o 60+ giorni dal primo test positivo. La negativizzazione è stata definita come la condizione in cui due campioni consecutivi, prelevati dal paziente ad almeno 24 ore di distanza, risultano negativi per la presenza di SARS-CoV-2.
RISULTATI: la durata mediana di positività al SARS-CoV-2 era di 27 giorni. È stata osservata una mediana più alta di giorni di positività in persone di età superiore a 80 anni (34 giorni, IQR 25-49), donne (28 giorni, IQR 18-40), pazienti sintomatici (28 giorni, IQR 19-40), persone ospedalizzate (32 giorni, IQR 21-44), pazienti con indice di Charlson >0 (34 giorni, IQR 23-49), pazienti ospiti di residenze sanitarie assistenziali (RSA) (37 giorni, IQR 25-51).
Nel modello multivariato GEE, le variabili associate alla non negativizzazione a tutti gli intervalli di tempo, sono state: età avanzata (al 15° giorno: classe 65+, OR 2,56, 95%CI 2,39-2,74), genere femminile (al 15° giorno: OR 1,12, 95%CI 1.06-1.18) e essere ricoverato per COVID-19 (al 15° giorno: OR 1.38, 95%CI 1.29-1.48). La presenza di comorbilità e di sintomi era associata alla non negativizzazione in 15a giornata (rispettivamente, classe 4+: OR 1.29, 95%CI 1.08-1.56 e sintomi: OR 1.20, 95%CI 1.13-1.27), ma non in 45a giornata.
CONCLUSIONI: l’età avanzata, il genere femminile, la presenza di comorbilità e la gravità della malattia (ricovero per COVID-19) sono fattori di rischio per la non negativizzazione a tutti gli intervalli di tempo. La presenza di sintomi è un fattore di rischio per la non negativizzazione dopo 2 settimane dalla prima diagnosi e non al 45° giorno. L’utilizzo di un modello longitudinale per l’analisi dei dati consente di confrontare il peso delle variabili incluse nel modello in tempi diversi e di correggere una sovrastima del rischio attribuibile nel tempo successivo al primo intervallo di tempo.

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